Spór o rejestrację Reformowanego Kościoła Katolickiego toczy się od ponad 2 lat, kiedy to w lipcu 2020 r. Prokurator Generalny wniósł sprzeciw do MSWiA ws wpisania RKK do Rejestru kościołów i innych związków wyznaniowych. W tamtym czasie, decyzją ministra Kamińskiego, od około pół roku organizacja była już wpisana do tego rejestru. Prokurator Generalny Zbigniew Ziobro ocenił, że rejestracja Kościoła – z uwagi na dopuszczanie związków par homoseksualnych - naraża potencjalnych jego członków na podejmowanie działań w wyniku błędu co do rzeczywistych form życia religijnego, metod działania Kościoła, jego celów, źródeł i zasad doktrynalnych lub obrzędów religijnych.

Na skutek sprzeciwu PG, 15 września 2020 r. MSWiA wydał decyzję administracyjną o nieważności rejestracji powołując się na art. 18 Konstytucji RP („Małżeństwo jako związek kobiety i mężczyzny, rodzina, macierzyństwo i rodzicielstwo znajdują się pod ochroną i opieką Rzeczypospolitej Polskiej”). Minister Kamiński wskazał, że w kwestii małżeństwa wniosek o zarejestrowanie zawierał informacje sprzeczne z przepisami ustaw chroniącymi bezpieczeństwo i porządek publiczny, zdrowie, moralność publiczną, władzę rodzicielską albo podstawowe prawa i wolności innych osób. Dlatego uznał, że decyzja o rejestracji zapadła z rażącym naruszeniem prawa.

W październiku 2020 r. RKK złożył do MSWiA wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy i uchylenie decyzji z 15 września, a do sprawy przyłączył się Rzecznik Praw Obywatelskich. Mimo to jednak, MSWiA podtrzymał decyzję stwierdzająca nieważność wpisu „Tęczowego Kościoła” do Rejestru kościołów i innych związków wyznaniowych.

W styczniu 2021 r. Rafał Karbowniczek, Senior Associate, i Małgorzata Karasińska, Associate, z Praktyki Postępowań Spornych działając w imieniu Reformowanego Kościoła Katolickiego złożyli do WSA w Warszawie skargę na powyższą decyzję z wnioskiem o wstrzymanie wykonania zaskarżonej decyzji. Nasi prawnicy podkreślali w skardze, że do tej pory organ nie odmawiał wpisu związkom wyznaniowym, które zezwalały na wielożeństwo, brak równouprawnienia małżonków w małżeństwie, czy rozwód przez jednostronne złożenie oświadczenie woli przez męża. Wówczas nikt nie sprzeciwiał się dokonywanym do rejestru wpisom, pomimo że wyżej wskazane zasady nie znajdywały (i dalej nie znajdują) odzwierciedlenia w powszechnie obowiązujących przepisach prawnych właściwych dla ww. kwestii.

Na skutek przedstawionej przez DZP argumentacji w czerwcu 2021 r. WSA w Warszawie wydał postanowienie o wstrzymanie wykonania zaskarżonej decyzji, dzięki czemu Reformowany Kościół Katolicki mógł działać dalej.

Orzeczenie w tej sprawie zapadło 13 października 2022 r. przed Wojewódzkim Sądem Administracyjnym w Warszawie. Sąd uchylił decyzję Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji o stwierdzeniu nieważności wpisu do rejestru kościołów i innych związków wyznaniowych.